Διατήρηση μόνον των αυτόχθονων φυτών.

Πολλαπλασιασμός κατά προτεραιότητα των σημαντικών ειδών

Διατήρηση γενετικού υλικού ποικιλιών που καλλιεργούνται στο Αιγαίο ( ντόπιες ποικιλίες, καθαρές σειρές)

Συμβολή στην οικονομική ανάπτυξη της ευρύτερης περιοχής με συνδυασμένες οικοτουριστικές δράσεις σε συνεργασία με την Τοπική Αυτοδιοίκηση και ιδιωτικούς φορείς.

Πλήρης τεκμηρίωση των φυτικών συλλογών

Περιβαλλοντική εκπαίδευση, ενημέρωση και ευαισθητοποίηση.

Συνδυασμένη καταγραφή & προστασία ειδών που αυτοφύονται στο Βοτανικό Κήπο.

Διατήρηση-προστασία πρωτίστως των Σημαντικών Φυτικών Ειδών (σπάνια, κινδυνεύοντα, τρωτά, τοπικά, ελληνικά φυτά του Αιγαίου και ιδιαιτέρως της Χίου), που προστατεύονται από την εθνική ή τη διεθνή νομοθεσία, ή περιλαμβάνονται σε καταλόγους προστατευμένων ειδών.

Ιnsitu και exsitu διατήρηση της χλωρίδας του Αιγαίου.

Ευαισθητοποίηση για την ποικιλότητα αυτοφυών φυτών.

Γνωριμία με τον Βοτανικό Κήπο ολόκληρης της εκπαιδευτικής κοινότητας του Νησιού.

Διατήρηση-προστασία  των αρωματικών – φαρμακευτικών φυτών του Αιγαίου και των αυτοφυών με καλλωπιστική αξία.